หมู่เกาะพีพี สภาพภูมิอากาศอยู่ในเขตมรสุม ในฤดูฝนจะมีฝนตกชุก

อุทยานแห่งชาติหาดนพรัตน์ธารา-หมู่เกาะพีพี สภาพภูมิอากาศอยู่ในเขตมรสุม ในฤดูฝนจะมีฝนตกชุก ระหว่างเดือนเมษายน-ตุลาคม ส่วนระหว่างเดือนมกราคม-เมษายน เป็นช่วงที่อากาศเย็นสบายและเหมาะแก่การท่องเที่ยว

สำหรับพันธุ์ไม้ในเขตอุทยานฯ มี 3 ประเภท คือ

ป่าดงดิบชื้น ปรากฏพบบริเวณที่เป็นภูเขาสูงชัน บริเวณเขาหางนาค บริเวณอ่าวพระนาง บริเวณทิศตะวันตกของเกาะพีพีดอน
ป่าชายเลน มีอยู่ในบริเวณคลองแห้ง ใกล้ที่ทำการอุทยานฯทางด้านทิศตะวันออกเฉียงใต้ของเขาหางนาค และบริเวณคลองย่านสะบ้า ด้านทิศตะวันออกเฉียงเหนือของสุสานหอยฯ
ป่าพรุ เป็นสังคมพืชเด่นที่พบต้นเสม็ดขึ้นอยู่อย่างหนาแน่นสมบูรณ์ ปรากฏอยู่เฉพาะบริเวณหาดนพรัตน์ธาราเป็นบริเวณแคบๆประมาณ 0.32 ตารางกิโลเมตร
สรุปชนิดของพันธุ์ไม้โดยทั่ว ๆ ไปที่พบ ประกอบด้วย ไม้ตะเคียน ยาง สน จันทร์ผา ตะแบก อินทนิล เสม็ด พะยอม แดง โกงกาง แสม ตะบูน ถั่วดำ ถั่วขาว เป็นต้น สัตว์ป่า ประกอบด้วย กระรอก หมูป่า กระจง เก้ง เลียงผา ลิง ค่าง ชะนี หนูหริ่ง นกนานาชนิด เช่น นกนางนวล นกนางแอ่น และสัตว์น้ำนานาชนิด

การเดินทา โดยรถยนต์ การเดินทางจากกรุงเทพ ฯ ไปจังหวัดกระบี่ มีระยะทางประมาณ 946 กิโลเมตร โดยใช้ทางหลวงแผ่นดินหมายเลข 4 ผ่าน จ.เพชรบุรี ประจวบคีรีขันธ์ ชุมพร ระนอง พังงา กระบี่ หรือถ้าไปอีกเส้นทางหนึ่งก็ได้ ซึ่งจะมีระยะทางที่ใกล้กว่าคือประมาณ 814 กิโลเมตรคือ สามารถใช้เส้นทางหลวงแผ่นดิน หมายเลข 4 จากกรุงเทพฯ ผ่าน จ.ชุมพร แล้วให้เลี้ยวเข้าไปใช้ทางหลวงแผ่นดินหมายเลข 41 ผ่าน อ.หลังสวน อ.ไชยา อ.เวียงสระ จ.สุราษฎร์ธานี จากนั้นให้เลี้ยวเข้าไปใช้เส้นทางหลวงจังหวัด หมายเลข 4035 พอผ่าน อ.อ่าวลึก แล้วให้กลับเข้ามาใช้เส้นทางหลวงแผ่นดินหมายเลข 4 อีกครั้งก็จะเข้าสู่ จ.กระบี่ พอถึงจังหวัดกระบี่แล้ว ก็วิ่งไปตามถนนสายในเมือง-ในสระ จะใช้ระยะทางอีกประมาณ 18 กม.ก็ถึงหาดนพรัตน์ธารา-หมู่เกาะพีพี หลังจากนั้นก็ให้ใช้เส้นทางเลียบชายทะเล ไปทางทิศใต้ระยะทางประมาณ 6 กม.